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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
15/02/2016 |
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Data da última atualização: |
06/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BOISON, S. A.; SANTOS, D. J. A.; UTSONOMIYA, A. H. T.; CARVALHEIRO, R.; NEVES, H. H. R.; O'BRIEN, A. M. P.; GARCIA, J. F.; SÖLKNER, J.; SILVA, M. V. G. B. |
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Afiliação: |
S. A. Boison, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Austria; D. J. A. Santos, UNESP; A. H. T. Utsunomiya, UNESP; R. Carvalheiro, UNESP; H. H. R. Neves, UNESP; A. M. Perez O'Brien, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Aústria; J. F. Garcia, UNESP; J. Sölkner, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna, Aústria; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL. |
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Título: |
Strategies for single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping to enhance genotype imputation in Gyr (Bos indicus) dairy cattle: Comparison of commercially available SNP chips. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Dairy Science, v. 98, n. 7, p. 4969-4989, 2015. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Genotype imputation is widely used as a cost-effective strategy in genomic evaluation of cattle. Key determinants of imputation accuracies, such as linkage disequilibrium patterns, marker densities, and ascertainment bias, differ between Bos indicus and Bos taurus breeds. Consequently, there is a need to investigate effectiveness of genotype imputation in indicine breeds. Thus, the objective of the study was to investigate strategies and factors affecting the accuracy of genotype imputation in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Four imputation scenarios were studied using 471 sires and 1,644 dams genotyped on Illumina BovineHD (HD-777K; San Diego, CA) and BovineSNP50 (50K) chips, respectively. Scenarios were based on which reference high-density single nucleotide polymorphism (SNP) panel (HDP) should be adopted [HD-777K, 50K, and GeneSeek GGP-75Ki (Lincoln, NE)]. Depending on the scenario, validation animals had their genotypes masked for one of the lower-density panels: Illumina (3K, 7K, and 50K) and GeneSeek (SGGP-20Ki and GGP-75Ki). We randomly selected 171 sires as reference and 300 as validation for all the scenarios. Additionally, all sires were used as reference and the 1,644 dams were imputed for validation. Genotypes of 98 individuals with 4 and more offspring were completely masked and imputed. Imputation algorithms FImpute and Beagle v3.3 and v4 were used. Imputation accuracies were measured using the correlation and allelic correct rate. FImpute resulted in highest accuracies, whereas Beagle 3.3 gave the least-accurate imputations. Accuracies evaluated as correlation (allelic correct rate) ranged from 0.910 (0.942) to 0.961 (0.974) using 50K as HDP and with 3K (7K) as low-density panels. With GGP-75Ki as HDP, accuracies were moderate for 3K, 7K, and 50K, but high for SGGP-20Ki. The use of HD-777K as HDP resulted in accuracies of 0.888 (3K), 0.941 (7K), 0.980 (SGGP-20Ki), 0.982 (50K), and 0.993 (GGP-75Ki). Ungenotyped individuals were imputed with an average accuracy of 0.970. The average top 5 kinship coefficients between reference and imputed individuals was a strong predictor of imputation accuracy. FImpute was faster and used less memory than Beagle v4. Beagle v4 outperformed Beagle v3.3 in accuracy and speed of computation. A genotyping strategy that uses the HD-777K SNP chip as a reference panel and SGGP-20Ki as the lower-density SNP panel should be adopted as accuracy was high and similar to that of the 50K. However, the effect of using imputed HD-777K genotypes from the SGGP-20Ki on genomic evaluation is yet to be studied. MenosGenotype imputation is widely used as a cost-effective strategy in genomic evaluation of cattle. Key determinants of imputation accuracies, such as linkage disequilibrium patterns, marker densities, and ascertainment bias, differ between Bos indicus and Bos taurus breeds. Consequently, there is a need to investigate effectiveness of genotype imputation in indicine breeds. Thus, the objective of the study was to investigate strategies and factors affecting the accuracy of genotype imputation in Gyr (Bos indicus) dairy cattle. Four imputation scenarios were studied using 471 sires and 1,644 dams genotyped on Illumina BovineHD (HD-777K; San Diego, CA) and BovineSNP50 (50K) chips, respectively. Scenarios were based on which reference high-density single nucleotide polymorphism (SNP) panel (HDP) should be adopted [HD-777K, 50K, and GeneSeek GGP-75Ki (Lincoln, NE)]. Depending on the scenario, validation animals had their genotypes masked for one of the lower-density panels: Illumina (3K, 7K, and 50K) and GeneSeek (SGGP-20Ki and GGP-75Ki). We randomly selected 171 sires as reference and 300 as validation for all the scenarios. Additionally, all sires were used as reference and the 1,644 dams were imputed for validation. Genotypes of 98 individuals with 4 and more offspring were completely masked and imputed. Imputation algorithms FImpute and Beagle v3.3 and v4 were used. Imputation accuracies were measured using the correlation and allelic correct rate. FImpute resulted in highest ... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
FImpute; Gyr; Imputation. |
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Thesaurus Nal: |
Beagle. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/138978/1/Cnpgl-2015-JDairySci-Strategies.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
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Tipo/Formato |
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Cutter |
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Volume |
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URL |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Tabuleiros Costeiros. Para informações adicionais entre em contato com cpatc.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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Data corrente: |
25/02/2015 |
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Data da última atualização: |
20/03/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
B - 3 |
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Autoria: |
TAQUEDA, G. S.; AZEVEDO, H. C.; MATOS, J. E.; BITTENCOURT, R. F.; BICUDO, S. D. |
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Afiliação: |
G. S. TAQUEDA, Universidade Federal de Sergipe; HYMERSON COSTA AZEVEDO, CPATC; j. E. MATOS, FACULDADE PIO X; R. F. BITTENCOURT, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA JULIO DE MESQUITA FILHO; S. D. BICUDO, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA JULIO DE MESQUITA FILHO. |
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Título: |
Influência de aspectos técnicos e anatômicos nos índices de fertilidade baseado no desempenho da inseminação artificial transcervical em ovinos. |
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Ano de publicação: |
2011 |
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Fonte/Imprenta: |
ARS Veterinária, Jaboticabal, v. 27, n. 2, p. , 127-133, 2011. |
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ISSN: |
2175-0106 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Este trabalho teve como objetivo analisar a influência de aspectos técnicos e anatômicos no desempenho da inseminação artificial transcervical (IATC), sobre a fertilidade em ovinos. Foram realizadas inseminações artificiais transcervicais com tração da cérvix em 122 ovelhas sendo utilizado sêmen congelado de 11 carneiros, todos os animais da raça Santa Inês. Durante a inseminação foram coletados dados como o tipo de orifício superficial da cérvix (OS): P (papila); FL (flap); BP (bico de pato); ES (espiral); FD (flor desabrochada), duração da manipulação cervical (2 a 3, 4 a 5 e 6 a 7 minutos), grau de dificuldade na transposição cervical (baixo, moderado e alto) e local presumido de deposição do sêmen (CS ? cervical superficial; CP? cervical profundo; IU ? intrauterino). Avaliou-se a influência destas variáveis sobre a fertilidade refletida pela taxa de prenhez. Os tipos de OS e a duração da manipulação cervical não apresentaram influência (p>0,05) sobre a fertilidade. O grau de dificuldade na manipulação cervical influenciou (p<0,05) a taxa de prenhez: fêmeas que apresentaram baixo grau obtiveram 52,0%, enquanto aquelas com alto grau obtiveram apenas 20,0% de prenhez. Da mesma forma, o local presumido de deposição do sêmen influenciou significativamente (p<0,05) a taxa de fertilidade. As taxas de prenhez em cada local de deposição foram as seguintes: IU - 45,83%; CP ? 25,7%; CS - 15,4%. Como era esperado, deposições mais profundas acarretaram em maior fertilidade. Conclui-se que o desempenho da IATC independe da classificação anatômica do orifício superficial cervical da ovelha e da duração da manipulação cervical dentro do intervalo testado (2 a 7 minutos). A IATC pode apresentar maiores taxas de fertilidade desde que se diminua a dificuldade em sua aplicação e se promova a deposição do sêmen mais profundamente. MenosEste trabalho teve como objetivo analisar a influência de aspectos técnicos e anatômicos no desempenho da inseminação artificial transcervical (IATC), sobre a fertilidade em ovinos. Foram realizadas inseminações artificiais transcervicais com tração da cérvix em 122 ovelhas sendo utilizado sêmen congelado de 11 carneiros, todos os animais da raça Santa Inês. Durante a inseminação foram coletados dados como o tipo de orifício superficial da cérvix (OS): P (papila); FL (flap); BP (bico de pato); ES (espiral); FD (flor desabrochada), duração da manipulação cervical (2 a 3, 4 a 5 e 6 a 7 minutos), grau de dificuldade na transposição cervical (baixo, moderado e alto) e local presumido de deposição do sêmen (CS ? cervical superficial; CP? cervical profundo; IU ? intrauterino). Avaliou-se a influência destas variáveis sobre a fertilidade refletida pela taxa de prenhez. Os tipos de OS e a duração da manipulação cervical não apresentaram influência (p>0,05) sobre a fertilidade. O grau de dificuldade na manipulação cervical influenciou (p<0,05) a taxa de prenhez: fêmeas que apresentaram baixo grau obtiveram 52,0%, enquanto aquelas com alto grau obtiveram apenas 20,0% de prenhez. Da mesma forma, o local presumido de deposição do sêmen influenciou significativamente (p<0,05) a taxa de fertilidade. As taxas de prenhez em cada local de deposição foram as seguintes: IU - 45,83%; CP ? 25,7%; CS - 15,4%. Como era esperado, deposições mais profundas acarretaram em maior fertilidade. Conclui-s... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Via transcervical. |
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Thesagro: |
Fertilidade; Ovino; Reprodução animal; Sêmen; Transferência de embrião. |
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Thesaurus NAL: |
cervix; Lambs. |
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Categoria do assunto: |
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Marc: |
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260 $c2011
520 $aEste trabalho teve como objetivo analisar a influência de aspectos técnicos e anatômicos no desempenho da inseminação artificial transcervical (IATC), sobre a fertilidade em ovinos. Foram realizadas inseminações artificiais transcervicais com tração da cérvix em 122 ovelhas sendo utilizado sêmen congelado de 11 carneiros, todos os animais da raça Santa Inês. Durante a inseminação foram coletados dados como o tipo de orifício superficial da cérvix (OS): P (papila); FL (flap); BP (bico de pato); ES (espiral); FD (flor desabrochada), duração da manipulação cervical (2 a 3, 4 a 5 e 6 a 7 minutos), grau de dificuldade na transposição cervical (baixo, moderado e alto) e local presumido de deposição do sêmen (CS ? cervical superficial; CP? cervical profundo; IU ? intrauterino). Avaliou-se a influência destas variáveis sobre a fertilidade refletida pela taxa de prenhez. Os tipos de OS e a duração da manipulação cervical não apresentaram influência (p>0,05) sobre a fertilidade. O grau de dificuldade na manipulação cervical influenciou (p<0,05) a taxa de prenhez: fêmeas que apresentaram baixo grau obtiveram 52,0%, enquanto aquelas com alto grau obtiveram apenas 20,0% de prenhez. Da mesma forma, o local presumido de deposição do sêmen influenciou significativamente (p<0,05) a taxa de fertilidade. As taxas de prenhez em cada local de deposição foram as seguintes: IU - 45,83%; CP ? 25,7%; CS - 15,4%. Como era esperado, deposições mais profundas acarretaram em maior fertilidade. Conclui-se que o desempenho da IATC independe da classificação anatômica do orifício superficial cervical da ovelha e da duração da manipulação cervical dentro do intervalo testado (2 a 7 minutos). A IATC pode apresentar maiores taxas de fertilidade desde que se diminua a dificuldade em sua aplicação e se promova a deposição do sêmen mais profundamente.
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Embrapa Tabuleiros Costeiros (CPATC) |
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